YaKuake и Fluxbox

>а во fluxbox и др. WM отличных от KDE

В других - это каких? :)
В icewm , к примеру, всё в порядке. Он, если я не ошибаюсь , NetWM / EWMH compatble
Может затыки именно во флюксе?

Скорее всего проблема в fluxbox, в openbox и sawfish должно работать.

Чем так openbox отличается от flux'a?

Этим,- http://icculus.org/openbox/about.php :

Features

Some of the things to look for in Openbox are:

* ICCCM and EWMH compliance!

Ссылка битая (У меня пишет, что You tried to access the address http://icculus.org/openbox/about.php, which is currently unavailable.)

пробовал и в GNOME и OPENBOX и FLUXBOX и ICEWM все тоже самое :(

Странно. У меня в icewm работает. Может быть дело в том, что рисует десктоп. Т.е либо это kdesktop, либо icewmbg , либо rox(это те, что я пробовал и на всех удачно)