xterm и мышь

Похоже что при нажатии мыши по терминалу ему передаётся какой то ввод (это случайно не вставка первичного буфера обмена по средней кнопке?). Бороться скорее всего бессмысленно, это особенность реализации какого то из компонентов. При работе по ssh и на некоторых терминалах даже вращение колёсика в окне воспринимается как ввод каких то комбинаций символов.

Нет, это не вставка, символы появляются при нажатии любой кнопки или вращение колесика. Похоже, xterm как-то их не так интерпретирует. Пришлось установить terminator, с ним нормально работает.

При работе по ssh и на некоторых терминалах даже вращение колёсика в окне воспринимается как ввод каких то комбинаций символов.

я тебе больше скажу — и без всякого ssh, во всех терминалах, вращение колесика это «комбинации символов». и даже движения мышки. http://www.xfree86.org/4.7.0/ctlseqs.html. просто то, что отправляет твой эмулятор терминала должно совпадать с тем, что ожидается на другой стороне, и при неправильной настройке удаленной машины они могут не совпадать.

Некоторые эмуляторы терминала воспринимают колёсико как прокрутку, а не как стрелки или какие то ещё клавиши. И тогда программе в терминале ничего не передаётся.

почитай спеку еще раз, внимательно. прокрутка — это просто комбинация определенных управляющих символов.