i3 автозапуск программ

Прочтитай официальный гайд по i3 https://i3wm.org/docs/userguide.html для начала, ведь, похоже, ты даже синтаксис команд не знаешь.

exec --no-startup

Такой команды нет, а есть только «exec [--no-startup-id] <command>». no_focus, исходя из документации, задается отдельно в конфиге. Для запуска на другом теге смотри пункт 4.15 в документации.

назначив его на второе окно

Прости, но что ты имеешь в виду под словом «окно»? Тег/workspace или что?

Да, хоть это и очевидно, но я имел в виду тег workspace. Я сделал так что теперь не переключается на тег с программой, но этот тег тем не менее всё равно подсвечивается информируя о запущенной программе, как это исправить?

Тег и должен подсвечиваться отдельным цветом, если на нем есть окна - это стандартное поведение поведение панели. Если тебе хочется изменить, то смотри в сторону конфига: bar - colors - свойства focused_workspace, active_workspace, inactive_workspace и urgent_workspace.

Мне нужен urgent workspace, если я это буду менять, то это будет для всех окон что мне не нужно, можно ли отключить сам urgent или раскраску конкретно для нужного мне окна?

Подскажите плиз команду ету для терминала