лагает анимация появления приложений я в gnome shell.

Гном течет по памяти через какое-то время. Попробуйте нажать Alt+F2, ввести r и нажать Enter. Произойдёт перезапуск, за пару секунд, с сохранением всего рабочего контекста.

Не установлен ли Dash to Dock?

У меня тоже самое в арче. Это не зависит от того, сколько времени запущена щель, анимация тормозить начинает сразу же. Не думаю, что это лечится.

Просто перезапусти щель как посоветовали в первом комменте. У меня с блобом nvidia такого не наблюдается при любом аптайме.