systemctl --user отказывается работать

А у тебя работает Tap-To-Click на тачпаде в это альфе?

Tap-To-Click на тачпаде

В гноме работает, в i3 надо настраивать, а мне не до того пока.

Может после очередного обновления поломали?

У тебя Tap-To-Click из коробки работал?

У тебя Tap-To-Click из коробки работал?

Нет, в гноме странные настройки тачпада. Ткни мышь в usb порт — появится настройка для тап-ту-клик. А потом зарепорти баг, а то это жесть какая-то.

Как ты запускаешь свой i3?

Как ты запускаешь свой i3?

Через lightdm или через startx. В первом случае такая ошибка, во втором случае не подключается к dbus.

Ага. Разбираем первый случай. Покажи переменные окружения (вывод env) и вывод systemctl status user@${UID}. Всё это изнутри проблемной сессии и от имени своего пользователя (т. е. без su/sudo).

● user@1000.service - User Manager for UID 1000
   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/user@.service; static; vendor preset: disabled)
   Active: failed (Result: timeout) since Sun 2016-09-18 22:40:56 MSK; 4min 26s ago
  Process: 1128 ExecStart=/usr/lib/systemd/systemd --user (code=exited, status=0/SUCCESS)
 Main PID: 1128 (code=exited, status=0/SUCCESS)
    Tasks: 0
   CGroup: /user.slice/user-1000.slice/user@1000.service

env:

XDG_SEAT_PATH=/org/freedesktop/DisplayManager/Seat0
LANG=en_US.utf8
SHLVL=2
XDG_VTNR=1
DISPLAY=:0
XDG_GREETER_DATA_DIR=/var/lib/lightdm-data/freyr
XAUTHORITY=/var/run/lightdm/freyr/xauthority
COLORTERM=gnome-terminal
DESKTOP_SESSION=i3
XDG_SESSION_DESKTOP=i3
GDMSESSION=i3
DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS=unix:abstract=/tmp/dbus-X6R4GTyG5R,guid=d129208368943988cec46f5b57deee84
XDG_DATA_DIRS=/home/freyr/.local/share/flatpak/exports/share:/var/lib/flatpak/exports/share/:/usr/local/share/:/usr/share/
_=/usr/bin/env
HISTCONTROL=ignoredups
LESSOPEN=||/usr/bin/lesspipe.sh %s
GDM_LANG=en_US.utf8
XDG_SESSION_TYPE=x11
SSH_AGENT_PID=1534
XDG_CURRENT_DESKTOP=i3
XDG_SEAT=seat0
USER=freyr
XDG_SESSION_PATH=/org/freedesktop/DisplayManager/Session1

Так, я убрал emacs из автозапуска и оно, кажется, заработало. Мог ли фэйл при старте имакса повлиять на systemctl --user и как?

Да, мог.

Active: failed (Result: timeout) since Sun 2016-09-18 22:40:56 MSK; 4min 26s ago

Ты неправильно указал Type= (forking вместо simple, скорее всего) и твой инстанс systemd --user был прибит по цепочке таймаутов.

неправильно указал Type=

Я не указывал, это мейнтейнеры федоры. Это в юните имакса?