helm-find-files

customize -> helm -> helm files -> Helm Ff skip boring files

А зачем игнорировать директории?

в проекте лежит phantomjs(допустим) или .env. Зачем мне сканить файлы там ?

Во-первых, helm-find-files показывает файлы и каталоги только текущего каталога (относительно буфера), т.е. просто не заходи в .env и т.п.

А во-вторых, зачем тебе вообще helm-find-files в проекте, если есть helm-projectile-find-file который гораздо удобнее?

Плюсую projectile и в нем же можно создать файл в корне проекта .projectile и указань директорие, которые хочешь игнорировать, к примеру так:

-/phantomjs
-/.env