В общем решил ковырнуть xmonad. Всё хорошо, только keepassx открывается с 5-8 щелчка мышью. Визуально выглядит так: открываю keepassk с трея, появляется окно с рамкой(xmonad border) на 0.1сек и исчезает. Эффект такой же, если тыркнуть правой кнопкой на значке и выбрать Restore window.
PS: debian stretch
PPSS: в dwm такой проблемы не наблюдается.