Как использовать xterm вместо gnome-terminal в nautilus?

Если речь о Debian или Ubuntu (возможно, применимо и к другим дистрибутивам), то нужно использовать ссылку /usr/bin/x-terminal-emulator. Эта ссылка должна вести на исполнимый файл xterm (или что ты там хочешь).

Это через update-alternatives настраивается, вообще-то, нечего из Демьяна делать Слаку.

Верно, но для простого случая, вроде эмулятора терминала, как в ОП, update-alternatives только ссылку и сменит.