jar -> deb

Забей. Можно упаковать в деб, для этого распотроши старый деб-срц, впиши новую версию в дебиан/рулез, подложи новый джар и собери обратно. Только нафиг надо.

3 минуты гугления
Добавь эти строки в pom.xml

 <build> <groupId>org.test</groupId> <artifactId>some-lib</artifactId> <version>1.0</version> <plugins> ... <plugin> <groupId>org.codehaus.mojo</groupId> <artifactId>deb-maven-plugin</artifactId> <configuration> <description>A test project</description> <maintainer>Tim OBrien &lt;tobrien@discursive.com&gt;</maintainer> <section>libs</section> <priority>optional</priority> <architecture>all</architecture> </configuration> <executions> <execution> <goals> <goal>deb</goal> </goals> </execution> </executions> </plugin> ... </plugins> </build> 

А затем
>>mvm package
Но это как я понял предполагает сборку из исходников

.deb это в большей степени обычный архив (как и jar), который распаковывает своё содержимое по нужным директориям и выполняет необходимые для работы программы скрипты. Сам .deb программу не запускает. Jar программа выполняется в Java-машине, и куда ты её не запихай, она будет выполняться также. Ты можешь запихать JabRef-4.1.jar куда-нибудь и сделать на неё ссылку или написать скрипт который в свою очередь будет пускать jar. Но суть работы программы не изменится, роднее для системы она не станет.

собрать из исходников легко же! #make all && make install трудно?

Другой вариант: распокуй дэб-пакет и скопируй в систему! В mc это делается за два клика!

Дорогой мой, я много раз собирал так, но ты хоть посмотри в гите https://github.com/JabRef/jabref как он собирается. Ваша стандартная строка не катит, а как они собирают на основе install4j я не понимаю. По поводу распакуй deb - это легко, только разговор ведь начался с того что нету deb, а есть только jar. И зачем его распаковывать? dpkg сделает это лучше.

Это я видел. Но повторяю, что я не программист. Где взять этот pom.xml и кому потом скормить? Тем более >>mvm. Сборку с make я делал, но тут что то другое и на выходе получим скорее всего тот же jar. Попутно и другой вопрос - почему же никто этого не сделал, раз это так просто? Ставить deb гораздо проще. Начиная с версии 4 нет deb пакетов, а есть только jar.

Я так понял, что нет особой версии проги в каком то особом формате родном для debian и в любом случае будет выполняться jar на java машине и только обертка будет другой? Тогда действительно бессмысленно что-либо делать и надо запускать сразу java -jar и не париться, как я сейчас и делаю. Меня просто раздражает, что таким образом она запускается довольно долго. Тогда поясните пожалуйста почему же есть exe для винды и dmg для мака?

http://blog.noizeramp.com/2005/08/31/packaging-java-applications-for-ubuntu-a...

Тогда поясните пожалуйста почему же есть exe для винды и dmg для мака?

Потому что для них собрать пакеты просто, а у Linux наркомания и Dependency Hell.

Прежде чем задавать вопрос я долго гуглил и пытался понять. Это я уже читал. Это же просто запаковка jar в deb. Я то думал что существует некая другая версия этой программы, но не на java. Похоже я просто не понимаю основ программирования, в этом все и дело.

Так твоя старая версия в репах это и есть запакованный jar в deb:

https://packages.debian.org/sid/all/jabref/filelist

Я то думал что существует некая другая версия этой программы, но не на java.

Нет.

Похоже я просто не понимаю основ программирования, в этом все и дело.

Именно.

Да, точно, никогда не заглядывал в список файлов deb пакета. Тогда вопрос отпадает.