Ищу мануал по ручной настройке Gnome

Насчёт мануала не знаю, а вот расстояние между элементами меню исправляется прописыванием gtk-icon-sizes = "panel-menu=16,16" в gtkrc (глобальный файл gtkrc лежит в /etc/gtk-2.0, в зависимости от дистра). Изменения вступают в силу при слудующем запуске программ.

Посмотри тут: http://live.gnome.org/GnomeArt/Tutorials