чем отследить все изменения конфигов в etc?

etckeeper?

Которые _уже_ произошли? никак, если нет бекапов/снепшотов.

Если на будущее - как уже написили выше или просто гит.

git

portage

Которые _уже_ произошли? никак, если нет бекапов/снепшотов.

Ну почему же, можно собрать список установленных приложений, посмотреть внутрь из .deb, сделать diff между теми конфигами что идут в поставке и тем что есть сейчас на хосте.

Но вообще да, думаю ТСу нужен просто etckeeper.

meld с заранее сохранённой файловой структурой в бэкапе.

ну, это сложная тема.
да, dpkg может показать все изменённые файлы, что шли с deb пакетом, посчитав хеши.
да, там, иногда, есть то, что принято называть конфигами. но есть ещё куча конфигов, которые пользователь должен был создать сам, скопировав, скажем, пример из документации. выполняемый файл из пакета рассчитывает читать такие конфиги, но никакой информации в самом deb пакете о таком конфиге нет.

Промежуточных резултатов не будет, оно вернёт диф между последний вариантом и ванильным.

Ну да, это понятно, но вроде такой задачи и не стояло.

Теоретически натравить http://linuxoid.in/Lsyncd, сработает по событию

Либо проверять md5 суммы файлов раз в час, как вариант этого git, при изменении команда git status покажет изменения

Плюсую etckeeper+git

auditd