Возможно ментейнер. QtCreator, который можно скачать с офф сайта, запускается через скрипт, возможно .desktop в доке запускает этот скрипт, он запускает непосредственно процесс qtcreator и отмирает. В итоге получается, что для дока это 2 разных программы.
UPD: В общем да, что-то с desktop файлом. Сейчас попробовал воспроизвести проблему, но с latte dock, если перетянуть .desktop из меню, то все ровно как у тебя, но если открыть Qt Creator и закрепить его из контекстного меню, то никаких проблем нет.