Как вернуть цветные иконки в боковой панели Nemo?

Да вроде только поменяв тему иконок на тему с цветными symbolic, или самому раскрасить нужные symbolic в теме. Раньше эта хрень отключалась через

gtk-icon-style: regular Сейчас что то не работает, но я и не вникал особо меня и монохромные с моей темой устраивают

Это ГТК3, так что да, именно настолько.

А если по теме, попробуйте откопать темы гтк и значки из предыдущей бубунты (или это выглядит как тема mint-dark) и установить её локально. Не поможет - ищите аналог в каталоге gnome-look.org, и может быть вам повезёт.

Действительно, дело в отсутствии symbolic-версий иконок. В качестве дефолтной устанавливается зачем-то оставленный фоллбэк в виде folder-symbolic.svg, из-за чего все иконки становятся одинаковыми.

Но западло в том, что при создании симлинков с нужными именами они всё равно отображаются окрашенными в чёрный (пример с иконкой музыки).

Наутилус, ЧСХ, ведёт себя точно так же.

Похоже, проблема действительно в версии Adwaita, вшитой в GTK.

кеш иконок пересоздай sudo gtk-update-icon-cache -f -t /usr/share/icons/используемая тема иконок

И попробуй на другой гтк теме arc-gtk-theme например

Да, так и есть, другие темы работают корректно. Судя по исходникам, по дефолту картинка тупо красится CSS'ом в цвет текста (в реальности чуть сложнее, но суть не меняется).