как задать минимальную температуру, при которой должен запускаться fan?

Напиши скрипт, который опрашивает температуру карты и выставляет скорость кулера сам.

Я пробовал это делать на 9800GT когда-то. Через х выставлений система висла намертво

Ну на венде у всех работает, там тоже это так делается. Тебе остаётся только попробовать, как оно на новой карте.