Замена / в зашифрованном lvm

удалить старый раздел /, но оставить home

Можно

поставить другую систему

В худшем случае почти всё можно вручную сделать, или развернуть в одном месте, перенести и поправить. В дебиане, например, не так плохо - Как установить Debian на существующий LUKS+LVM ? (комментарий)