Получите токен от приложения, которому разрешили messages API, потом дёргайте сам API.
У меня так сообщения выкачиваются на почту (не спрашивайте, почему), а VK считает, что я сижу с телефона через Kate Mobile. Не сомневаюсь, что лавочку рано или поздно прикроют, но к этому моменту надеюсь свалить оттуда, где VK требуют.
