Попробовал я этот ваш Flatpak. После каждого запуска приложения нужно заново входить. Пока что это приложения на Electron (Skype, например). Известная проблема хромога. Вне Flatpak решалось установкой GNOME Keyring. Гугл подсказал, что вообще-то системный GNOME Keyring должен работать и с флатпаком, но что-то не работает. Всё это на Fedora 34 с KDE.
Как лечить?
P.S.: никакого негатива к Flatpak, если что.