Скриншот: https://i.imgur.com/Xdr73GS.png
После настройки панели иногда появляется сабж. Помогает только создание новой панели и перенос всего, что я настроил, на неё.
UPD: Нашлись и причина, и способ решения проблемы. В настройках Xfce (по крайней мере, в Xubuntu) очень странный способ установки кастомного цвета, из-за которого появляется проблема. Чтобы всё-таки поставить цвет, нужно прописать в ~/.config/gtk-3.0/gtk.css
этот код:
.xfce4-panel {
background-color: HEX-код цвета;
border: none;
}