dmenu не показывает flatpak пакеты в i3-gaps

Читай документацию 📖 по путям 🛤

https://gist.github.com/curioswati/668e9e120ddd4b6f8d07dc28b5780d22

Добавь путь к флатпак-бинарям в $PATH.

Почитай man dmenu. Из него можно узнать, что на самом деле делает программа и, косвенно, как на самом деле происходит запуск. На основе этой инфы легко состряпать своё меню к чему угодно.

$ cat /usr/bin/dmenu_run 
#!/bin/sh
dmenu_path | dmenu "$@" | ${SHELL:-"/bin/sh"} &

$ file /usr/bin/dmenu_path
/usr/bin/dmenu_path: POSIX shell script, ASCII text executable

Use j4-dmenu-desktop, Luke.

так потому что dmenu по бинарникам идет, а не по desktop-файлам.

dmenu идёт по тому, что ты ему передашь в stdin.