i3 и автозагрузка

В /etc/X11/xorg.conf.d/00-keyboard.conf добавь Option «XkbOptions» которая тебе нужна.

Для смены раскладки я в конфиге забиндил выполнение скрипта на сочетание клавиш, тут на ЛОРе у кого-то подсмотрел, чтобы текущая сразу и в bar отображалась, можешь поискать.

Чтобы открыть определенное приложение на конкретном workspace: https://i3wm.org/docs/userguide.html#assign_workspace. Там и примеры есть.

В целом советую ознакомиться хотя бы с первыми двумя-тремя главами документации, много очевидных вещей прояснится.

cat /etc/X11/xorg.conf.d/40-libinput.conf

Section "InputClass"
        Identifier "keyboard"
        Driver "libinput"
        MatchIsKeyboard "on"
        Option "XkbLayout" "us,ru"
        Option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle"
EndSection

exec --no-startup-id setxkbmap -layout us,ru -option "grp:alt_shift_toggle" в .config/i3/config