Названия файлов в разных субдиректориях могут совпадать, Ктулху их обрыгай, но сами названия не важны, т.е. при копировании можно переименовывать файлы в 00хххх.dat и не париться.
Я Баша не знаю и такую штуку быстро написать не могу, обычный софт такое делать, кажется, не умеет, а писать утилиту на плюсах – перебор.
Поможете?