Есть две раскладки. ru и en. Хоткеи работают только с английской раскладкой. Не смог сходу нагуглить, как сделать так, чтобы они не зависили от выбранной раскладки. Конфигурация клавиатуры в конфиге sway сейчас выглядит так:
input "type:keyboard" {
xkb_layout us,ru
# xkb_variant ,nodeadkeys
xkb_options grp:caps_toggle
}