Изменить команду после && или ;

ты должен запускать не команды, а скрипты

./script1.sh ; ./script2.sh

и тогда в любой момент времени содержимое любого скрипта ты можешь изменить, пока он не запустился.

Хороший вариант, но задача именно такая, какая указана шапке топика

уже запущенную команду ты никак не отредактируешь

Ну, если оно еще продолжает компилировать и устанавливать gcc, то ты всегда можешь нажать Ctrl-c и прервать ее. Если перешло уже к poweroff, то никак.

Переименуй /usr/sbin/poweroff во что-нибудь, а потом обратно восстанови, когда emerge завершится.

Если poweroff запущен не от рута, то systemd-inhibit bash не допустит перезагрузки.

от рута

Ну, создайте тогда /run/systemd/system/poweroff.target.d/block.conf с содержимым типа

[Unit]
RefuseManualStart=yes

И systemctl daemon-reload.

Найти процесс-родитель emerge и убить его. Это же он (оболочка) ждёт завершения emerge, чтобы сделать poweroff. А дальше уже как-то ждать завершения иначе.