Задваивается директория в PATH

https://wiki.archlinux.org/title/Environment_variables#Globally

А ты уверен, что твои правки нужны?

Возможно, после установки cryptopro и так уже внесены необходимые правки в системные файлы.

Попробуй удалить то, что добавил ты и проверь значение в переменной PATH.

Ну либо найди что было добавлено при установке и убери оттуда этот путь.

А для чего? Какую задачу нужно решить?

Пользователи сами будут руками дрыгать утильки крипты? Я не заморачиваюсь, дергаю бинарники по полному пути. Благо это нужно не частно. А для того что пользователю можно понадобиться хватает cptools, он при установке все как надо ставит desktop файл.

/usr/share/Modules/bin

Ужас.

Но теперь у всех пользаков системы данная директория задваивается в PATH, например:

Даже не задваивается а затраивается. Последнее добавление (которое первое в списке) кажется делается из ~/.bashrc или чего-то похожего.

Не было ничего добавлено, при удалении из /etc/bashrc оба экземпляра пропадают из PATH

А тебя не смущает, что в твоём выводе три раза упоминается путь криптопро?

echo $PATH /opt/cprocsp/bin/amd64:/home/roman/.local/bin:/home/roman/bin:/opt/cprocsp/bin/amd64:/opt/cprocsp/bin/amd64:/usr/share/Modules/bin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/bin:/usr/sbin

Чтобы понять было что-то добавлено или нет нужно сделать проверку конфигурационных файлов системы или скриптов postinst в составе deb пакета.

Ну, значит, у вас bash два раза читает /etc/bashrc. man bash, раздел INVOCATION, там перечислено какие файлы bash выполняет при старте. Сидите и раскручивайте, или правьте PATH в штатном месте, или оборачивайте вашу конструкцию if fi блоком с проверкой содержимого PATH.