Приложения не запоминают своих свойств в XFCE

Лаконично, но непонятно :=)
Но я выполнил эту команду, мне не жалко :=D
Она выдала такое:

 find ~ ! -user $USER
/home/user/Документы/lshw.html
/home/user/.cargo/.cargo.tar.gz

Путь не указывает на вашу директорию пользователя насколько я понял

Попробуй тогда find ~ ! -writable. Если слишком много находит, то можно отфильтровать, чтобы были только ~/.local/ и ~/.config/ Подозреваю проблемы с правами, это бывает при запуске графических приложений с повышенными привилегиями.

Вашу мысль насчет прав понимаю и всячески одобряю, поскольку сам уже вручную копался в /local /config в окрестностях /vlc, но вроде никакой крамолы насчет урезания прав не заметил.
Вот вывод вашей команды:

$ find ~ ! -writable
/home/user/Документы/lshw.html
/home/user/.cargo/.cargo.tar.gz
/home/user/.tor-browser/Browser/TorBrowser/Data/Browser/profile.default/lock
/home/user/.tor-browser/Browser/.config/ibus/bus
/home/user/.local/share/Trash/files/receipt.2.pdf
/home/user/.local/share/Trash/files/receipt.3.pdf
/home/user/.local/share/Trash/files/receipt-3.pdf
/home/user/.local/share/Trash/files/libreoffice-writer.desktop
/home/user/Soft/ProtonMail/src/protonmail-bridge_3.6.1-2_amd64.deb
/home/user/.mozilla/firefox-esr/vgaq3vo4.Local/lock
/home/user/.mozilla/firefox-esr/kho18uxh.CryptoCoin/lock
/home/user/.mozilla/firefox-esr/416if621.Default/lock
/home/user/.mozilla/firefox-esr/5qykmvei.Tor/lock

Окей. Xfce запускается каким-то дисплейным менеджером? Если да, то каким?

При установке Manjaro выбрал сборку дистрибутива под XFCE, и больше ничего руками не трогал.
Д/менеджер, наверное, обычный Xorg, не Wayland, имхо.

https://github.com/chmln/handlr

Я имею в виду DM, программу для графического логина. GDM, LightDM, SDDM, XDM и т.д. Ну ладно, файл ~/.xsession-errors есть? Если да, то попробуй задать ассоциации для VLC, и посмотреть, что в этот файл записалось. Там точно будет вагон бесполезного мусора, помимо потенциально полезной информации. Если файла нет, либо он явно давно не пишется, смотри в journalctl --user, суть та же. Если вообще ничего там непонятно, то выложи куда-нибудь строки за период тестов. Если что, там могут быть потенциально чувствительные данные, так что стоит их просмотретью

Понимаешь, тут какая-то глобальная проблема, она касается не только VLC :-(

Вспомнил! Как-то для наведения порядка с правами я запустил в домашнем каталоге такой нехитрый скриптик -

find . -type d -print0 | xargs -0 chmod 755
find . -type f -print0 | xargs -0 chmod 644
find . -type d -print0 | xargs -0 chown user:user
find . -type f -print0 | xargs -0 chown user:user

Это не значит, что надо как-то глобально к этому и подходить. На примере VLC вполне можно эту проблему найти.

Некоторые вещи, ssh, например, действительно ломаются, если влепить такие права. Обычно программы, которым не всё равно, просто ругаются на небезопасные разрешения.

Ну, так я изначально прошелся по конфигам VLC в /.local и /.config и сравнил с такими же конфигами на другом компе, где XFCE ведет себя корректно.
Да, обнаружились некоторые различия, поэтому привел права конфигов в соответствие с «правильным» XFCE.
Однако это ничуть не помогло.

Ладно, попробую еще создать дополнительный акк, и посмотрю, как в нем ведут себя эти же приложения.

Как я уже говорил, дальше надо выполнять проблемные действия и смотреть сообщения об ошибках. С правами тут вряд ли есть проблемы.

Ладно, попробую еще создать дополнительный акк, и посмотрю, как в нем ведут себя эти же приложения.

Это тоже хорошая идея, обычно позволяет понять, в настройках дело, или что-то сломано глобально.