gentoo: установить пакет без зависимостей

Вообще-то ни в одном из существующих в текущем дереве портажей ебилда skype нет USE флагов alsa и oss, и звуковая система alsa используется по умолчанию. Избежать ее установки можно только созданием нового ебилда в overlay. Есть конечно еще ключ --nodeps к emerge, но при обновлении тебе придется снова его использовать.

а вообще есть аналогичные клиенты для протокола Skype?

Вроде к kopete есть плагин, но учитывая, что копыта сами еще сыроваты, плагин наверное ваще пипец.