etckeeper в обратную сторону

Никак. etckeeper создан для сохранения конфигов и отслеживание изменений после обновления\установки пакетов, а не для восстановления состояния предыдущей системы

etckeeper - не система деплоя, а сохранялка конфигов

Что-то типа

git checkout `git rev-list --max-parents=0 HEAD`

Хорошо какой у меня есть вариант перенести конфиги с гита чтобы потом можно было снова сохранять конфиги

Клонируй в темп дир репу с гита, перенеси директорию .git в /etc и смотри что изменилось и вноси изменения. Обычная работа с гит

Я понимаю, но как сделать чтобы была кнопка y и показывало что изменяеться, что то похожее на etc-update