Проблема в том, что doxygen указывает неправильный шрифт для dot.
Для выбора правильного шрифта dot надо настроить fontconfig.
Doxygen хочет шрифт FreeSans.ttf (а должен бы хотеть просто FreeSans). Соответсвенно настраиваем подмену шрифта в fontconfig:
файл /etc/fonts/local.conf:
<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE fontconfig SYSTEM "fonts.dtd">
<!-- /etc/fonts/local.conf file for local customizations -->
<fontconfig>