Оказывается, Calibre не запоминает прочитанные страницы и открывает книгу, каждый раз з самого начала. Как это исправить? В FB2 запоминает корректно.
Я, конечно, могу делать закладки. Либо конвертнуть книги в формат FB2. Но может есть удобнее, чем эти фичи.