Как запускать bat-файлы в wine?

А зачем?

Проще всего - перепиши в shell script, бинарные команды заменяя на wine command, либо аналоги.

Так и сделал. Вот только интересно, можно ли запустить батник через вайн?

Запустить cmd <какие-то ключи> file.bat ? Не пробовал.

Пробывал. Не запускается. В консоль ничего не пишет.

 wineconsole
Starts a program in a Wine console

Usage:
  wineconsole [options] <command>

Options:
  --backend={user|curses}  Choosing user will spawn a new window, curses will
                            try to setup the current terminal as a Wine console
  <command>                 The Wine program to launch in the console

Example:
  wineconsole cmd
Starts the Wine command prompt in a Wine console