Попробовал два современных дистрибутива linux: kubuntu 7.04 и openSuse 10.2 и в обоих наблюдается аналогичная проблема: дисковод читает дискеты через раз, а если на дисету что-то записать то потом эта дискета не читается на компьютере с Windows 2000 (или XP).
Файловая система для дисковода установлена как vfat, кодировка utf8, кодовая страница (codepage) - 866.
Сейчас монтирую и размонтирую под обычным пользователем вручную. После записи файла, жду пока светодиод дисковода погаснет.