SQL Server, Enterprise manager и все-все-все...

Однозначно ответить нельзя:
до MS SQL Server'ва(2000) - можно достучаться по терминалу (как я и делаю) и спокойно работать.

Можно через ODBC - но если задачи позволяют через ODBC (опять же как у меня).
А вот что на своей машине локально работать с SQL я пока не нашел инструментов.

По терминалу - имеется ввиду RDP/VNC или что-то в этом роде?

Вот про ODBC можно поподробней? Мне нужно на своей машине работать с удалённым сервером.

про терминал понял правильно :) а про ODBC вот - http://ru.gentoo-wiki.com/HOWTO_unixODBC_and_freetds

> И существуют ли какие-нибудь инструменты, более менее аналогичные Enterprise manager/Query analyzer?

Execute Query.

Aqua Data Studio - правда не бесплатная и написана на джаве, да и по удобсвтву - на любителя, но глянуть все равно стоит