Не работает _фича_ вима под названием modeline в указанной версии в указанном дистрибутиве.
"set modeline?" возвращает "nomodeline" с ~/.vimrc или без оного, что странно, так как во всех остальных дистрибутивах и, если верить ":help 'modeline'", modeline по дефолту включено.
vim при старте читает туеву хучу файлов помимо ~/.vimrc. grep modeline /usr/share/vim/..., strace -e open vim и смотреть где именно дебиановцы чего-то поломали.
Как вариант, можно выставить VIM/VIMRUNTIME на что-то левое или временно убрать /usr/share/vim.
У меня оно по дефолту включено, btw, так что документация скорее всего не врёт.