как запустить JAVA приложение?

java proga.jar

точнее так:
если отдельный java-класс (name.class) тогда:
$java name
если прога в .jar -архиве:
$java -jar name.jar
естественно из каталога где name.* и лежит :)
надежнее ;)

Ну по поводу надежности это еще у бабушки спросить.
А если это класс com.bim.bom и лежит не в jar, а в дереве com/bim/bom.class и использует другие классы?
Тогда таки лучше java com.bim.bom из вышестоящего каталога.
А вообще лучше спросить java.
java и c help ключом, и без него все скажет.