2 mplayer'а на рабочем столе

такое умеет pulse audio

потому что mplayer крутит громкость на миксере звуковухи, а не программный. должно лечиться так
mplayer -softvol

Можно еще sdl использовать. Как вывод звука.

>такое умеет pulse audio

У меня пульса выдавала трещание звука при установки онного в 0, а так же время от времени подвешивала мплеер, когда тот стоял на паузе. Я решил не мучится и удалить ее.

та же проблема с паузой, но наблюдается только в убунту 9.04, в 8.10 нормально все работало

ну да, та же фигня, только треск звука и в 8.10 был.