Поменять местами Caps и Control.

vi .Xmodmap remove Lock = Caps_Lock remove Control = Control_L keysym Control_L = Caps_Lock keysym Caps_Lock = Control_L add Lock = Caps_Lock add Control = Control_L

Ну... этого не достаточно. Здесь нужно еще что-то в xorg.conf, потому что переключение раскладок по Caps Lock (который на месте клавиши Control) все-таки не работает.

vi .Xmodmap

remove Lock = Caps_Lock 
remove Control = Control_L 
keysym Control_L = Caps_Lock 
keysym Caps_Lock = Control_L 
add Lock = Caps_Lock 
add Control = Control_L 

Если клавиши меняются местами то переключение раскладки отваливается, как вариант, вместо Caps Lock использовать Menu. У меня в свое время побороть это так и не вышло.

в xorg.conf

# grp:lctrl_toggle переключение по левой клавише Control
# grp:rctrl_toggle переключение по правой клавише Control
Option "XkbOptions" "grp_led:caps,grp:lctrl_toggle"

как-то так