В общем, ситуация довольно странная. Наблюдается давно, происходит редко, но очень раздражает.
Когда (скорее всего на жесткий диск) идёт большая нагрузка (работает emerge, загружается какая-нибудь толстая игрушка типа HoN или Doom3) почти напрочь виснет, похоже, kwin. Помогает только убийство иксов через волшебные клавиши. Если в иксах запущен, например, icewm - такого не наблюдается.
Повисание выглядит достаточно забавно - система почти ни на что не реагирует, бешено что-то считывает с жесткого диска (может заниматься этим часами), load возрастает до эпических 30.
kde 4.3.2 xorg 1.6.3 / x11 7.4 nvidia-drivers 190.36
Но от версий бага как-то не зависит. Бугзиллу копнул, там есть куча багов с kwin & пожиранием cpu, но похожего я не нашёл.