Сегодня свой репозиторий обновлял и увидел что изменился файл который я не трогал. Немного офигел и посмотрел diff. В конце файла былo ^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^
Поставил hexedit чтобы получше разглядеть, однако не нашёл вообще такого в файле. Делаю hg diff снова и, опа, всё стало нормально. Только в dmesg появилось вот это:
[15564.820076] ecryptfs_read_lower: octets_read = [-4]; expected [4096]
[15564.820082] ecryptfs_read_and_validate_header_region: Error reading header region; rc = [-22]
Пипец...