Thunar 1.0.1 Как в боковой панели убрать корзину, рабочий стол, файловую систему ?

Это стандартные элементы. Нужно их убрать - отредактируй исходники thunar'а.

xfdesktop-settings, в значках

Не, не то. Не, только ковырять настройки под себя.