Почему кроссплатформенные программы, собранные для Windows, лучше, чем собранные под Linux? Причины две: 1) они уже собраны и безо всяких проблемм запускаются под Вайном, в то время как при сборке под Linux можно заработать геморрой; 2) собранная под WINE программа аккуратно лежит в отдельной директории, а не какает себя по всему диску чёрт знает куда.
А что делать, если программа чисто линуксовая, не являющаяся кроссплатформенной? Линуксовое API, подобное WINE'у, к сожалению, отсутствует. Нельзя, к примеру, имея ядро 2.6 запускать программы, собранные для ядра 2.4, зато можно запускать программы, собранные под Windows 98, под Windows XP...
Но пока нет такого AIP, можно же установить CygWin на WINE и спокойно запускать линуксовые программы!
Правда, я пока ещё не пробовал это делать; если получится, выложу скрины.