man mencoder & man mplayer...

Если надо именно mencoder'ом, то читать про -ss (-sb) и парный ему ключ (не помню).

Можно взять avidemux2 (почти аналог виртуалдуба), им нарезать по кускам, склеить.

Сто пудово, чтобы не шариться через -ss и -endpos (кстати, у последнего конечная позиция отсчитывается от НАЧАЛА куска, а не начала avi) лучше avidemux2 (стабильно работает тот, что в altlinux) или kino ( http://www.linuxmafia.com/faq/Apps/AV/consumer-video-to-dvd.html)

P,S, Перед этим желательно на всякий починить индекс
mencoder -aoc copy -ovc copy -forceidx -o ready.avi source.avi

Спасибо ответившим!