empathy и chromium

смотри в настройках гнума какой браузер по умолчанию.

Что-то я сразу по значению ключа не поискал в gconf-editor'e. Нашел в /desktop/gnome/url-handlers/http/command и /desktop/gnome/url-handlers/https/command. Теперь все работает как надо.

эмпази игнорирует Preferred Applications ?? O_o

а не /usr/bin/x-www-browser ?

Preferred Applications должно хватить

Когда запущен вне гнома, видимо да.