Жуть какая, не так все просто. Нужно менять формат PDF с ландшафтного на портретный или наоборот в зависимости от того в каком он сейчас состоянии. Проще было бы вытащить изображения или сконвертировать PDF в набор изображений а потом уже собрать все это в новый PDF.

>Проще было бы вытащить изображения или сконвертировать PDF в набор изображений

Если я при помощи imagemagick это делаю командой convert <input>.pdf <output>.png, то тоже уменьшает разрешение. Как это сделать другим способом, и, естественно, чтобы автоматически, а не вручную каждую страницу.

pdftk

page rotation can be N, S, E, W, L, R, or D.
N: 0, E: 90, S: 180, W: 270, L: -90, R: +90, D: +180. L, R, and D make relative adjustments to a page's rotation.

convert -D <dpi>

А pdf лучше поворачивать специально для этого придуманным софтом. Тем же pdftk, как уже советовали, или конвейером pdf2ps -> ps2ps -> ps2pdf (если нет pdftk и не хочется его устанавливать).

Может сюда копать?

man convert | grep density

У меня получилось

convert -density 200 HC20.26.621.pdf -rotate 90 proba.pdf

Спасибо, pdftk повернул как надо.