«до того» можно использовать и d4x для наведения порядка в закачках.

Для переименования скрипты на питоне пишу/ищу, pdf-файлы можно переименовывать в $DocumentTitle, сортирую руками.

Разруха не в Downloads, а в головах.

Я на работе с помощью inotify и incron'a сделал сортировку файлов по каталогам в зависимости от имени, там куча файлов приноситься и рукаи очень долго раскидивать, а нашел я этот способ в линуксформате, не помню номер. Короче гугл на предмет «inotify incron автоматизация» должен выдать приличное количество ссылок на нужные варианты.

Мааааать моя... Во проблемы у людей, ей-богу. И теги неправильные: тут ни гном, ни убунта абсолютно не при чём. Нужно просто раскладывать файлы куда нужно сразу после скачивания, вот и всё.

downloads надо разгребать сразу

иначе проще всё нахрен поудалять и собирать по новой.
ИМХО

Для оценки «что где и сколько» можно использовать baobab.