не гуглится

ставишь imagemagick :
$convert -negate *.png

а альфа на месте останется?

должна (хотя не проверял). попробуй указать еще опцию -matte

>руками в том же гимпе

зочем руками? скриптами
впрочем, imagemagick резвее

не вариант
вот так надо
for i in *.png ; do convert $i -negate $i; done

~shi - ты думаешь, ТС сам не смог бы добавить цикл как ему надо?

да я и есть ТС :)

>да я и есть ТС :)

Жестко!

Еще можно скрипт в гимпе навалять, если IM коряжит альфу.

не - альфа на месте

дело в том что твой вариант даёт выхлоп-файлам другие имена...
и да
for i in *.png ; do convert «$i» -negate «$i»; done
//fixed