XFCE

Создаёшь директорию ~/Desktop/Autostart/ и кидаешь в неё все исполняемое (скриптики, etc), и оно будет выполняться при старте WM. А по поводу запуска на определённом столе, на это у каждой проги свои ключики есть, напрмер у Eterm есть ключ -D, читай маны.