[transset + xcompmgr] как заставить transset «помнить» приложение?

«Прозрачность» это всего лишь хинт окна. Transset просто устанавливает нужное значение этого хинта. Значит, Вам нужно не «заставлять transset...», а убеждать терминал или window manager, чтобы они выставляли нужным окнам нужные значения хинта прозрачности (увы, забыла как он называется).

А это будет случайно не псевдопрозрачность?

Нет, это именно нормальная прозрачность средствами Composite.