если это gvim, то это не глюк, а просто размер окна не соответствует количеству строк. (такойже артефакт обычно возникает при разворачивании окна на весь экран). лучшее, что можно сделать - подпилить gtk тему, чтобы артефакт заливался фоновым цветом из темы вима.