user@linux-pc:~$ conky -c ~/.conkyrc
Conky: use_spacer should have an argument of left, right, or none. 'yes' seems to be some form of 'true', so defaulting to right.
Conky: desktop window (15a) is root window
Conky: window type - override
Conky: drawing to created window (0xc00001)
Conky: drawing to double buffer
Gedit, Mouse и прочие оконные утилиты показывают всё правильно, и там также можно сохранять в том или ином формате(имею ввиду виндовы\бсд\юникс).
^M - это каретка винды :) Вообще советую все конфиги, которые правятся не через настройки - делать именно консольными средствами(mcedit, vim и пр.)
На будущее - dos2unix уберет символ перевода каретки, если он есть, и ничего не будет делать, если его нет, поэтому его можно безбоязненно натравливать на важные файлы.