Gedit вопрос новичка.

Первый, как сделать множественное выделение по ctrl.

По-моему, никак. Это текстовый _редактор_, а не текстовый _процессор_.

если вставляю в другой, все работает, а в один и тот-же не желает.

Вероятно, вы, когда вставляете в другой, не снимаете исходное выделение, а в том же - снимаете. Если не убирать выделение и клацать средней кнопкой в нужное место - все вставляет.

иксовый буфер(тот что по средней клавише) в одном документе, а то если вставляю в другой, все работает, а в один и тот-же не желает.

Вероятно, вы, когда вставляете в другой, не снимаете исходное выделение, а в том же - снимаете. Если не убирать выделение и клацать средней кнопкой в нужное место - все вставляет.

Если не удовлетворяет такая логика работы, поставь менеджер буфера обмена, например clipit. Так буфер выделения не будет теряться, и даже можно будет его объединить с буфером обмена.